故事敘述克林貢人因為核災,使得當時的議長有機會與聯邦展開和談,不料在企業號前往護送之中,議長遇刺身亡,所有記錄顯示,魚雷發射均來自企業號,因此寇克與醫官麥凱即遭此不白之冤,直到史波克發現了內奸為止。但是,張將軍卻早已準備好秘密武器"隱形艦",整等著寇克踏入陷阱,而整個謀刺議長的陰謀,竟還有艦隊司令總部的內線配合...