神秘的富商企業家麥克斯溫特斯是否涉入了這個龐大的陰謀呢? 紐約市更加需要忍者龜正義團隊們的幫助了!每個人在期待忍者龜的出現,但是他們在哪兒呢?此時,隊長李奧納多因獨自去接受特別訓練而與其他弟兄暫時別離,但他的兄弟們米開朗基羅、多納太羅和拉斐爾卻因此變得失落又失去方向…
當城市與家庭同時陷入危機,便是李奧納多和老鼠師父史林特重整忍者龜們的團結及忍者術的時候,一種忍者龜們才能擁有的能力。忍者龜們能不能即時重聚並鍛鍊成最堅強的團隊去打敗具有超能力的惡勢力呢?